Hva er forskjellen på intertekstualitet og at en tekst henviser til en kjent tekst i form av en allegori? Har du forresten noen tips å komme på hvordan jeg kan sørge for en bedre flyt og overgang mellom avsnitt? Jeg vet at man kan bruke temasetninger og starte f.eks. "For det første, for det andre…", men burde jeg utover det benytte meg av bindeord?

Det er ikke noe motsetningsforhold her. Intertekstualitet er et vidt begrep som betegner alle tenkelige forbindelser mellom tekster (likheter, forskjeller, forutsetninger, forskyvninger m.m.).
En allegori er som du sikkert vet et bilde som skal forstås overført, som symbol på noe annet. En allegori kan inngå som del av tekstens intertekstualitet, altså bidra til å relatere teksten til andre tekster.
Dersom en tekst henspiller på en annen (kjent) tekst, kaller vi det ofte allusjon (som på latin nettopp betyr «henspilling».)
For god flyt og smidige overganger kan du også bruke ord som «dessuten», «videre», «imidlertid» (ved en viss motsetning til det som går forut), «derimot» (ved en klar motsetning til det som går forut) o.l.
Lykke til!